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Dokumentation


Wie diese Dokumentation funktioniert

Bevor wir in diese Dokumentation eintauchen, lassen Sie mich ein paar Worte sagen. Diese Dokumentation ist interaktiv und responsiv. Das bedeutet Folgendes: Ich habe viele Beispielseiten eingefügt, die ihr Layout mit der Bildschirmgröße ändern (so wie es auch die Originalseiten tun) und die zusätzliche Erklärungen enthalten. Im Grunde genommen wird alles, was grün hervorgehoben ist, näher erläutert, wenn man mit dem Mauszeiger darüber fährt (oder auf Mobilgeräten einmal tippt). An manchen Stellen gibt es auch Video-Tutorials, die komplexere Inhalte veranschaulichen sollen.

Wenn Sie nach dem Lesen dieser Dokumentation noch Fragen haben, kontaktieren Sie mich.


Inhaltsangabe #

    Medienbestandteile Datenbankstruktur Die Medien-Ansichtsseite Stämme und Stamm-spezifische Modifikationen Ähnliche Medien Finde Medien anhand ihrer Bestandteile Finde Lösungen mit dem Solution finder Stammlösungen Lösungen vergleichen Inhalte herunterladen BacMedia verlinken

Medienbestandteile #

Bevor ich an diesem Projekt gearbeitet habe, dachte ich, dass Kulturmedien nur einfache Rezepte sind, die Kohlenstoffquellen, Vitamine, Spurenelemente und hauptsächlich Wasser enthalten. Ich habe mich geirrt. Tatsächlich können Medien mehrere Lösungen enthalten, auf die in anderen Medien Bezug genommen werden kann. Siehe Medium 119, um zu verstehen, was ich meine. Außerdem sind Medien nicht nur eine Zusammensetzung von Zutaten, sondern ihre Zubereitung erfordert auch eine präzise Anleitung. So bin ich zu folgendem Konstrukt gelangt: Medien verweisen auf Lösungen, die auf Inhaltsstoffe verweisen:


  • Media

    • Solutions

      • Ingredients

      • Solutions

      • Steps

Datenbankstruktur #

Die oben genannte Struktur resultiert in folgender Datenbank:

DB Scheme

Die Medien-Ansichtsseite #

Diese Seite ist das Herzstück von BacMedia. Sie zeigt im Grunde alle Informationen, die wir für das ausgewählte Medium haben, z.B. alle Lösungen, die Rezepte und Anleitungen.

Eine Toolbox oben hilft Ihnen, durch die Medien zu navigieren, alle BacDive-Stämme zu sehen, die auf diesem Medium wachsen, das Endvolumen des Mediums um einen Faktor anzupassen oder das Mediumrezept als PDF herunterzuladen. Auf der linken Seite ist das eigentliche Rezept aufgelistet. Sie finden dort den Namen des Mediums und einige zusätzliche Informationen, z. B. den endgültigen pH-Wert. Darunter sind einige allgemeine Bemerkungen aufgeführt, falls es welche gibt. Dann folgt eine Liste aller Lösungen, die zur Herstellung dieses Mediums benötigt werden. Diese Liste beginnt mit der Hauptlösung. Von hier aus werden alle anderen Lösungen und Zutaten aufgelistet, d. h. wenn Sie ein Medium herstellen wollen, ist dies der richtige Ort, um damit zu beginnen. Auf der rechten Seite werden zusätzliche Informationen angegeben, z. B. die endgültige Zusammensetzung des Mediums, weitere Metadaten und die Gaszusammensetzung. Falls Sie Tipps oder Bemerkungen zu einem Medium haben, können Sie hier auch einen Kommentar hinterlassen.

Wenn Sie Fragen zu den Medien oder der Benutzeroberfläche haben sollten, kontaktieren Sie mich.

Beispiel

42. MEDIUM NAME


Defined medium pH 7

Solution A #

1000

Stämme und Stamm-spezifische Modifikationen #

Bei BacMedia sind nicht nur Medien zu finden, sondern auch die dazugehörigen Stämme. Bei den Metadaten auf der rechten Seite der Medienansicht finden sich u.a. phänotypische Daten von allen Stämmen, die auf diesem Medium wachsen. Diese Daten stammen aus unserer Schwesterndatenbank BacDive.

Davon abgesehen gibt es aber auch eine Infobox, die sich Zugehörige Stämme nennt. Hier steht, wie viele Stämme insgesamt für dieses Medium bekannt sind, mit einem Link zu einer entsprechenden Unterseite. Darunter gibt es (falls verfügbar) eine Übersicht über Stämme mit Modifikationen. Aus einem Dropdown-Menü können diese Stämme ausgewählt werden, um daraufhin das Medium mit den entsprechenden Bearbeitungen anzuzeigen.

Beispiel

Ähnliche Medien #

BacMedia schlägt Medien vor, die dem von Ihnen gerade betrachteten ähnlich sind. Wir haben die Kosinusähnlichkeit ( Wikipedia) benutzt, um abzuschätzen, wie ähnlich sich die Medien aus unserer Datenbank sind. Dabei werden nicht nur die Inhaltsstoffe, sondern auch deren molekulare Konzentrationen im Endmedium berücksichtigt. Die Farbe des Pfeils zeigt an, wie ähnlich sich die Medien sind:

  • mehr als 90 %
  • zwischen 90 und 70 %
  • zwischen 70 und 50 %

Finde Medien anhand ihrer Bestandteile #

Dieses Tool hilft Ihnen, ein Medium anhand seiner Inhaltsstoffe zu finden. Sie können auch Konzentrationsbereiche für jede Verbindung festlegen. Es werden nur Medien angezeigt, die alle Ihre Anforderungen erfüllen.

Beispiel

Im folgenden Beispiel wird nach allen Medien gesucht, die 2 – 10 g/L Glukose und eine beliebige Konzentration von MgCl2 enthalten:

Medium finder

Compound Min. conc. Max. conc. Unit
Glucose 2 10
MgCl2
+ Add compound Search

Search result

Searched compounds: Glucose MgCl2
Your search received 7 results.

100: Another medium

Compound Amount [g/L] Concentration [mM]
Glucose 1.5 8.3
MgCl2 0.33 3.463
Go to medium
...

Finde Lösungen mit dem Solution finder #

Dieses Tool hilft Ihnen, eine Lösung auf der Grundlage ihrer Bestandteile zu finden. Sie finden die Schaltfläche zum Solution finder auf der Lösungen-Seite in der Symbolleiste oben:

All solutions

Solution finder
Order by
...

Wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken, öffnet sich ein Popup. Sie können einen bis viele verschiedene Namen von Verbindungen eingeben, die in der Lösung enthalten sein sollen. Wenn Sie anfangen zu tippen, erhalten Sie Vorschläge aus allen Verbindungen, die wir in der Datenbank haben.

Das Ergebnis ist eine nach Ihrer Auswahl gefilterte Liste von Lösungen. Oben finden Sie eine Liste der Inhaltsstoffe, die Sie für die Filterung verwendet haben.

Beispiel


Stammlösungen #

Als Stammlösungen bezeichnen wir alle Lösungen, die in mehreren Medien referenziert werden. Ein Beispiel ist die Lösung SL22: Wolin's vitamin solution, die in über 300 Medien verwendet wird. Die SL-Nummer, die der Lösung vorangestellt ist, soll dabei helfen, diese Lösungen eindeutig zu identifizieren. Stammlösungen sind in der Regel mit folgendem Icon assoziiert:


Lösungen vergleichen #

Viele Lösungen werden in mehr als einem Medium referenziert (z.B. Spurenelementlösung SL-10). Es kommt jedoch häufig vor, dass Lösungen denselben Namen tragen, während sich ihre Inhaltsstoffe erheblich unterscheiden. Dieses Tool soll helfen, zwei Lösungen miteinander zu vergleichen und die Unterschiede auf einen Blick darzustellen.

Beispiel

Compare Solutions


Inhalte herunterladen #

Es gibt mehrere Möglichkeiten, Inhalte von BacMedia herunterzuladen. Wo Sie die Download-Buttons finden und welche Formate unterstützt werden, hängt von dem ab, was Sie herunterladen möchten.

Herunterladen eines Medium-Rezepts

Der häufigste Anwendungsfall ist, dass Sie nach einem Medienrezept suchen, weil Sie einen Mikroorganismus kultivieren wollen und das Medium in Ihrem Labor zubereiten müssen. Wir haben die Lösung für Sie! In der Symbolleiste über jedem Mediumrezept befindet sich eine Schaltfläche mit der Bezeichnung Download. Hier haben Sie die Möglichkeit, das Rezept direkt als PDF oder als Text-Dokument herunterzuladen. Wenn Sie sich für ein PDF entscheiden, können auch angepasste Volumen und Stamm-spezifische Modifikationen dargestellt werden. Sie können das PDF auf Ihrem Computer speichern oder direkt im Browser ausdrucken.

Download eines Lösungsrezepts

In manchen Fällen sind Sie nur an einer speziellen Lösung interessiert. Vielleicht wollen Sie verschiedene Spurenelementlösungen testen? Wie auch immer, es gibt zwei Möglichkeiten, eine Lösung herunterzuladen: Sie können entweder auf den Download-Button in der Kopfzeile der Lösung (auf der Medium-Seite) klicken, oder sie direkt aus der Lösungssuche über die folgenden Schritte herunterladen:

  1. Klicken Sie auf die ID der Lösung, die Sie interessiert, um die Detailseite zu öffnen.
  2. Rechts finden Sie einen Download-Knopf.
  3. Wählen Sie ein Format aus, um die Lösung herunterzuladen.

Lösungen können als PDF-Datei (zum Ausdrucken empfohlen), CSV-Datei (für MS Excel) oder JSON-Datei (für Datenwissenschaftler und andere erfahrene Nutzer) heruntergeladen werden.

Download einer molekularen Medienzusammensetzung

Wenn Sie sich z.B. für die Modellierung von Stoffwechselprozessen interessieren, sind Sie wahrscheinlich nicht an Medienrezepten interessiert. Stattdessen interessieren Sie sich vielleicht eher für die endgültige Zusammensetzung des Mediums. In diesem Fall können Sie sich die Tabelle auf der rechten Seite jedes Mediums ansehen, die Medienzusammensetzung heißt. Hier finden Sie alle Verbindungen und ihre Konzentration (falls vorhanden) in g/L und mmol/L. Darüber hinaus können Sie die gesamte Tabelle auch als CSV- oder JSON-Datei herunterladen, indem Sie die Schaltflächen direkt unter der Tabelle verwenden.

Daten über die API herunterladen:

Wir haben auch eine URL-basierte API zum Herunterladen von Inhalten. Der Link lautet wie folgt:

    https://bacmedia.dsmz.de/download/<type>/<id>/<format>
   

Mit den folgenden Elementen:

  • type: legt fest, welche Art von Element heruntergeladen wird. Mögliche Werte sind composition, solution, oder medium.
  • id: Eine oder mehrere IDs der Elemente, die heruntergeladen werden soll (mehrere mit Komma getrennt, funktioniert nicht bei Medien-PDF).
  • format: Definiert das Format der zurückgegebenen Daten. Mögliche Werte hängen vom Typ ab, z.B. pdf, json, oder csv.

Beispiele: